限度額適用認定証を使用していますが、月の途中で転院した場合や、同一医療機関で外来と入院どちらもあった場合、窓口での支払う額はどうなりますか？

窓口での自己負担は医療機関ごと（入院・外来別）の計算となり、それぞれで自己負担限度額までのお支払となります。
なお、合算高額療養費に該当する場合は、健保組合で自動的に手続きを行いますので、申請等は不要です。支払いの時期はおおよそ診療月の3ヵ月後になります。